Struktur Kurikulum Boarding School Insan Cendekia merupakan struktur kurikulum khusus yang disusun untuk memberikan pelayanan yang maksimal terhadap perkembangan kompetensi yang dimiliki siswa, agar siswa yang rata-rata berkemampuan tinggi dapat ditumbuhkembangkan secara benar dan tepat ke arah penguasaan IMTAQ dan IPTEK secara seimbang. Dalam pelaksanaannya sekolah Insan Cendekia menggunakan kurikulum nasional dikodifikasi bertaraf internasional yang disesuaikan dengan visi dan misi sekolah, serta dalam rangka mempersiapkan siswanya mampu menghadapi ujian nasional, seleksi masuk ke sekolah dan perguruan tinggi baik di dalam maupun di luar negeri.

Oleh karena itu untuk menyikapi tuntutan tersebut, dalam struktur kurikulum ada beberapa mata pelajaran yang ditambah jam tatap mukanya, antara lain bidang MAFIKIBI (Matematika, Fisika, Kimia dan Biologi), Bahasa Inggris dan Pendidikan Agama Islam.

Pembinaan iman dan takwa ditujukan untuk mewujudkan sumber daya manusia yang berkualitas tinggi dalam keimanan dan ketakwaan, menguasai ilmu pengetahuan dan teknologi serta mampu mengaktualisasikannya dalam masyarakat. Inilah salah satu alasan mendasar dari perlunya sebuah usaha maksimal untuk menyejajarkan pembinaan iman dan takwa atau pendidikan religiusitas yang membumi. Posisi pembinaan iman dan takwa harus merupakan pondasi utama dari keilmuan para siswa. Sebab sejauh apa pun mereka melangkah, segalanya harus dikembalikan kepada diktum agama yang harus menjadi pegangan hidupnya.